Свою карьеру он начал в АФК «Система», а позже, с 2011 года, стал президентом компании «Спутниковая система «Гонец». В 2016 году он возглавил эту компанию, которая некоторое время представляла Россию в проекте OneWeb. Однако сотрудничество быстро завершилось по решению ФСБ, и Баканов оставался в компании до 2019 года.
Позже он перешел на работу в Минтранс, где, предположительно, не смог устоять перед возможностью вновь заняться космическими проектами — тем более, что его опыт с «Гонцом» отлично подходил для этого. С 2022 года он работал заместителем министра транспорта, однако в этот раз сосредоточился на спутниковых сервисах.
Интересно, что его назначение в «Роскосмос» стало не просто перемещением кадров, а частью внутренней политической стратегии, фактически — успехом вице-премьера Савельева. Именно он привел Баканова, отодвинув «Ростех» от управления корпорацией.
Это могло бы стать удачным политическим шагом, если бы не проблемы, оставленные предыдущим руководителем, Борисовым, который явно не справился с задачами. Есть слухи, что те самые «неудачи» могут стать предметом уголовного разбирательства — в таких условиях Баканову предстоит работать под повышенным вниманием.